1846 bis 1917
Nach zehn Jahren Bauzeit wurde der Kanal am 1. Juli 1846 mit der Einweihung des Kanaldenkmals am Erlanger Burgberg offiziell eröffnet. Die endgültige Schiffbarkeit war 1847 erreicht.
Die Erwartungen an das Frachtaufkommen waren groß. Bei der Bemessung der Schleusen hatte Pechmann den Transport von Bauholz aus dem Donau- in das Rheingebiet im Blick. Die Schleusen hatten deshalb eine Länge von 140 Fuß. Ein Regelschiff war um die 24 m lang, 4,20 m breit, hatte einen Tiefgang von maximal 1,16 Meter (4 Fuß) und konnte bis zu 120 Tonnen Fracht befördern. Transportiert wurden neben Holz auch Getreide, Kohle, Steine und Ziegelsteine. Das geplante Frachtaufkommen lag bei 100.000 Tonnen. 1850 wurden etwa 200.000 Tonnen erreicht.
Bei einer Geschwindigkeit von 3 km/h dauerte die Fahrt von Kelheim nach Bamberg einschließlich Schleusungen und Ruhezeit etwa sechs Tage. Dafür mussten 100 Schleusen, 69 Schleusenwärterhäuser, 7 Häfen, über 100 Brücken, 5 Trogbrücken, aber auch andere Bauwerke wie Durchlässe, Schieber und Abläufe zur Regelung des Wasserhaushalts unterhalten werden. Das verursachte hohe Kosten. Ein Schleusentor aus Eichenholz muss zum Beispiel nach 20 Jahren ausgewechselt werden (heutige Kosten ca. 70.000 Euro).
König Ludwig I. verlangte, die Gebühren für den Kanal auf ein Fünftel der Landfrachtgebühren zu begrenzen. Als sich abzeichnete, dass das Frachtaufkommen zurückging, wurden die Gebühren sogar noch gesenkt. Langfristig waren die Unterhaltungskosten durch die Einnahmen und Gebühren deshalb nicht zu decken. So war der Kanal nur bis 1863 rentabel und kam danach aus der Verlustzone nicht mehr heraus.
Bis 1912 belief sich der Gesamtverlust auf 2,9 Mio. Gulden. Das Schicksal des Kanals war damit besiegelt und die Entscheidung für den Nachfolgekanal Rhein-Main-Donau fiel bereits 1917.
