1950 bis 1992
Der Aufwand, den Kanal zu betreiben und in Schuss zu halten, ließ sich durch die erzielten Einnahmen schon Anfang des 20. Jahrhunderts nicht mehr ausgleichen. 1950 folgte die Auflassung des Kanals durch das bayerische Innenministerium. Die Regierungen von Oberpfalz, Mittelfranken und Oberfranken mit ihren nachgeordneten Straßen- und Flussbauämtern, die ab 1952 für die Unterhaltung zuständig waren, taten nur das Allernotwendigste. Wo der Kanal ein Hindernis für den Neuaufbau darstellte, wurde er ohne viel Respekt für die Leistung der Erbauer zurechtgestutzt. Vor allem musste die Wasserstraße für den Neubau der A73 (Frankenschnellweg) Platz machen. Die Bauarbeiten zwischen Nürnberg, Fürth und Erlangen erfolgten von 1967 bis 1972.
Ein weiterer Abschnitt des Ludwig-Donau-Main-Kanals musste seinem Nachfolger weichen. Vom Hafen Kelheim bis ca. 1 Kilometer östlich der Abtei Plankstetten verläuft heute auf einer Länge von 43,83 Kilometern der Rhein-Main-Donau-Kanal. Erste Pläne für dessen Bau wurden bereits 1917 geschmiedet. 1992 wurde der neue Kanal eröffnet.
Auch bei Einzelbaumaßnahmen wurde keine Rücksicht auf die Bausubstanz des Ludwig-Donau-Main-Kanals genommen. Zeitzeugen wie der Flussmeister Willibald Stich erinnern sich an die Beseitigung der Brücke in Neumarkt in den 1950er Jahren.
Mit der Ersterfassung in der Denkmalliste 1978 wurde der Kanal als Baudenkmal anerkannt. Berücksichtigt wurden aber nur einzelne Bauwerke, zum Beispiel Schleusen, Kanal- und Hafenbecken, Wärterhäuser, Kräne sowie teilweise Dämme und Brücken. Im Zuge der Revision und Nachqualifizierung wurde der Eintrag der Kanalbauten in die Denkmalliste überarbeitet, ergänzt und präzisiert. Die bauzeitlichen Brücken und erhaltenen Kanalabschnitte sowie die den Kanal begleitenden Dämme gehören nun ebenfalls zum eingetragenen Baudenkmal. Dem Denkmalschutzstatus wird heute mehr Gewicht eingeräumt, nicht zuletzt weil der Kanal als Wahrzeichen der Ingenieurbaukunst geachtet und als touristisch bedeutendes Kulturdenkmal wahrgenommen wird.